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疫情之下,讀預印本論文的正確姿勢_SPR

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研究者如何第一時間了解生物醫學進展?已故植物學家鐘揚講過,最及時、鮮活的信息在研究者的大腦中,然后是面對面交流,其次是學術會議,最末是公開發布的文獻。那么預印本文獻應該排在什么位置?

撰文|韋玉

相比2003年的SARS疫情時期,本次新冠疫情期間,我們多了一個面向生物醫學領域的預印本平臺作為學術交流的領地。所以,我們現在可以及時地看到很多關于疫情的流行病學和基礎研究論文。據統計,在2003年SARS疫情結束時,90%的論文還在審稿當中,沒有及時發表。

隨著疫情的蔓延,不少科學家加入到新冠病的研究當中。第一時間了解全球各地科學家的工作,是科學防疫的基礎。臨床醫生、公衛管理者等防疫人員可以根據科研結論在第一時間作出快速反應。例如病的基因組序列、臨床特征、治療效果評價等等,不少進展都是先發表在了bioRxiv或medRxiv這些預印本系統上。

預印本系統的歷史

預印本,顧名思義是還未正式發表在學術期刊上的論文,一般未經同行評議之類的質量把控。公益性的預印本平臺目的在于讓學者快速發布論文,因為按照傳統的論文審稿流程,一篇論文從投稿到發布需要數周到數年之久。

IPFSNEXUS 發言人:長遠來講疫情對區塊鏈技術有著推動作用:據IPFS100.com報道,價值互聯 鏈接世界區塊鏈技術論壇會暨IPFSNEXUS交易系統2.0版上線發布會于9月17日在北京圓滿落幕。在學術論壇會議上IPFSNEXUS交易系統2.0版本公測版正式上線。

會議上發言人表示,從技術層面,區塊鏈受到政府部門、金融機構、科技公司、公益慈善機構等各方的重視,給區塊鏈、人工智能、大數據、5G等技術帶來了新的發展機遇。?從通證層面,以BTC為主的虛擬貨幣在短期內并沒有大幅上漲動力支持,缺乏可持續進場資金的支撐。

總之,疫情對整個區塊鏈行業的直接影響是負面的、短期的,但是從長遠來講對區塊鏈技術的研發和應用的落地、行業的洗牌都有著積極的推動作用。我們看到,區塊鏈技術在疫情這一特殊階段能夠發揮出的特殊作用,同時也能看到其在更長遠的未來能夠產生的潛在價值。[2020/9/21]

冷泉港的bioRxiv在2013年推出,medRxiv于2019年問世。另外,不太知名的PeerJ也在2013年面世,中科院的ChinaXiv在2017年7月推出后一直不溫不火。

亞馬遜、Facebook等科技巨頭承諾臨時開源專利,助力新冠疫情相關工具開發:DLA Piper律師事務所合伙人Mark Radcliffe幫助撰寫了《Open COVID Pledge(開源COVID承諾)》,這是一項由大學、公司和其他組織持有的開源專利倡議,旨在支持藥物、測試工具、疫苗和接觸者追蹤工具的開發。該承諾稱:“我們所擁有的每一種工具都必須被應用于大規模、無障礙地開發和部署技術,這是一項現實和道義上的當務之急。”簽署承諾書的人被要求對其知識產權給予免費許可,否則將阻礙潛在救生產品的自主開發。今天,亞馬遜、Facebook、惠普、IBM、微軟和桑迪亞國家實驗室都宣布參與該承諾。

Radcliffe表示,本月早些時候Mozilla和Creative Commons已經簽署該承諾,僅英特爾一家公司就提供超過72000項專利供公眾使用。截至今日,該承諾已持有幾十萬項專利可供特殊時期使用。(CoinDesk)[2020/4/21]

美國紐約監管機構要求加密公司制定新冠病疫情應急計劃:美國紐約金融服務部(NYDFS)要求所有在紐約運營的加密公司制定詳細的計劃,以防日常運營受到冠狀病爆發的干擾。根據周二發布的一項通知,加密企業必須制定出詳盡的應急計劃。準備工作必須包括員工保護戰略、增加網絡風險緩解、災難溝通計劃和程序,以確保關鍵業務“最低限度”繼續運作。他們還必須為可能出現的滾雪球式疫情的最終結果制定詳細的計劃。NYDFS對黑客試圖利用病爆發的可能性表示了特別的擔憂。NYDFS“強調”了不受監控的黑客攻擊的風險,并懇求公司考慮實施更強有力的安全措施,以檢測“欺詐交易或退出行為”。該機構進一步強調,遠程員工將資金從“冷”(離線)存儲轉移到“熱”(互聯網連接)錢包時,有可能危及托管資產。(Coindesk)[2020/3/13]

對于物理、數學、社會科學領域的學者來說,預印本系統并不陌生。最早的預印本系統是1991年出現的arXiv,專門收錄這幾個領域的論文。俄羅斯天才數學家GrigoriPerelman證明“龐加萊猜想”的論文就發表在arXiv上。

南寧海關應用區塊鏈防偽鎖定等技術助力疫情防護:2月29日,廣西自治區新冠肺炎疫情防控工作領導小組指揮部舉辦新聞發布會,介紹廣西加強機場和口岸疫情防控,助力企業復工復產相關情況。南寧海關副關長武跟平介紹,南寧海關已開發邊民互市掌上App,率先應用“人臉識別+活體檢測”“GPS定位+電子圍欄”以及區塊鏈防偽鎖定等領先技術,通過“互聯網+互市”模式,參與交易的邊民無需到現場排隊等候,僅需1分鐘即可完成一票互市進口落地加工商品的申報,改變互市貿易申報區人群聚集、排隊等候的狀況,降低疫情交叉感染風險。(南國早報)[2020/2/29]

那么預印本出現之前,科學家想提及時交流成果怎么辦?通過信件或電郵——當然,電郵的出現和普及比較晚了。生活在前現代社會的列文虎克,就是通過給英國皇家學會寫信的方式,“佳作”頻傳,最終被評上皇家學會會士。

越來越多的出版商接受預印本系統的存在。Nature在其“Peer-reviewpolicy”中提到,作者發布預印本不影響在Nature系列期刊投稿:“作者可以隨時把自己論文發布在個人博客、維基站點或預印本平臺上。”其實早在2005年3月,Nature就曾發表題為Naturerespectspreprintservers的社論,澄清了Nature接收發布過預印本的稿件的事實。大出版商Elsevier也同意作者先發布預印本乃至學位論文,不會影響正常投稿的接收。

聲音 | 央視:海淀區市場監管局通過區塊鏈等多種方式做好疫情防控工作:據央視中文國際頻道(CCTV-4)今日午間報道,為做好疫情防控工作,北京市各區各部門通過優化辦事流程,精簡申辦材料,采取多種方式開展網上辦、掌上辦、指尖辦,大力推行不見面辦事模式。其中,海淀區市場監管局通過梳理企業辦事流程,利用網絡、電話和區塊鏈技術等多種方式,對企業登記、企業房屋租賃事前確認等事項實現了“不見面”辦理模式。[2020/2/5]

現在生物醫學領域的競爭尤其激烈,一些知名科學家在投稿學術期刊之前,也會先放在bioAxiv等平臺上宣示優先權,同時看看同行的反饋。另外,預印本系統與科技期刊的開放獲取運動同步,大家可以免費看到的最新科學進展越來越多。

生物醫學領域預印本系統推出得晚,主要原因不是網絡技術或利益糾葛,而是由于生物醫學領域自身的特性:獲取論文非常簡便的情況下,病人會由于缺乏專業分辨能力而誤用論文中的“粗糙”結論,從而可能傷害自身健康。和國內常見的情形類似:病人度娘了一些自認無誤的醫學認識,然后當面質疑醫生的診療結論。

當然,預印本平臺也有接收論文的標準:不能剽竊,不能有冒犯性的內容,不能是非科學或偽科學的內容,不能造成公共安全危害等。但后臺不對論文的方法論、結論和質量把關。如果大家了解論文或預印本的生產過程,那么就能夠客觀看待科學論文中的結論,知道科學進步是一個漸進的過程,科學共同體對一些問題是有共識的。

以科學家對CRISPR的認識過程為例。目前,CRISPR-Cas9基因編輯技術是非常火的領域,但一開始FancisMojica等人在細菌基因組中發現了CRISPR序列后,并不知道它的確切功能。LucianoMarraffini和ErikSontheimer提出了用CRISPR做基因編輯的設想。EmmanuelleCharpentier和JrgVogel等人發現了tracrRNA。等到JenniferDoudna、張鋒等人發明了CRISPR-Cas9系統后,這個科學故事才終于完整。我們現在回過頭去看,可以找出一個清晰的科學發現路徑,但對于不同年代的科學家來說,他們只是在各自的小領域中孜孜不倦地工作著,無法事先確立一個明確的圖景。

解讀預印本論文要小心

1998年,英國醫生AndrewWakefield在Lancet上發表了一篇論文,聲稱麻疹、風疹、流行性腮腺炎三聯疫苗能夠引發自閉癥。受此影響,接下來的十多年,英國的部分家長聽信這個說法而不再給孩子接種疫苗,使得腮腺炎在英國卷土重來。2004年,媒體記者調查發現,有疫苗官司業務的律師事務所賄賂了Wakefield,讓他“做出”疫苗有害的科學證據。

2012年,法國分子生物學家Gilles-ricSéralini發表了一篇轉基因致癌論文,其實是用致癌藥物讓大鼠長出腫瘤,然后移花接木,聲稱腫瘤是轉基因食物引起的。論文一出,媒體對轉基因的批判鋪天蓋地,歐洲的轉基因產業深受影響。歐盟不得不浪費1500萬歐元去證偽這個結果。雖然后來雜志早已撤稿,但巨大的經濟社會代價已無法挽回,反轉人士依然拿著不靠譜的結論津津樂道。

一些論文的結論往往會唬住外行,那么對于外行來說,看看論文下邊的Twitter評論也許更有幫助。預印本論文的讀者尤其容易錯誤理解論文結論,不能正確評價論文的結果,特別是論文本身存在方法缺陷和誤導性的時候。

讀者要避免把預印本中的一些結果誤讀成確定的事實。例如,近期一個牛津大學團隊發表的流行病模型提出:如果存在大量的輕癥和未測試的感染者,群體免疫是否可以實現?這與其說是一個結論,不如說是一個理論上的可能性。除非對人群進行大規模血清學測試,才可以證明群體免疫的進程,但是目前還沒有這方面的數據。

“攪拌式新聞”成為時代的信息快餐|SarahRieke繪

明智的讀者也不要相信那些洗稿或拼湊而成的“攪拌式新聞”(churnalism),這是沒有采稿能力的媒體通過東拼西湊而非原始采訪而撰寫的新聞報導。這些新聞夸大事實,給不出確鑿的證據。這里有一個基本原則可以用:無論是科學論文還是新聞,若內容太過驚人,往往是誤導性的報道。

關注某個領域一些團隊的系列研究,也是個獲取真實信息的好辦法,有較好發表記錄的科研團隊往往更可靠。不過,疫情以來,預印本系統中最先涌現的一批論文是中國的科研團隊做出的,并且是首次投稿到預印本系統。這時候普通公眾若關注某些論文,最好先讓領域內的專家先判斷下論文的水準。

預印本系統可以讓作者快速了解學界對自己工作的反饋。科學共同體也可以通過對論文進行批評、實驗驗證、繼續擴展等方式共同進步。這可以部分起到同行評議的作用:發現錯誤、評價結果解釋是否得當、要求作者補足數據或實驗。

創辦6年來,bioRxiv平臺已收錄了8萬余篇論文,其中只有不到90篇撤稿。這些撤稿論文大多是作者自己決定撤回的,比如懷疑自己的結果不可靠、作者名單有誤等問題。新冠肺炎疫情以來,有兩篇論文撤稿。一篇是印度人的工作:通過比對新冠病和HIV基因組序列,得出新冠病是人造病的結論。另外一篇是由于作者獲取了更多病人的數據,他們的結論需要修改。

參考文獻

LarryPeiperl.Preprintsinmedicalresearch:Progressandprinciples.PLoSMed.2018Apr;15(4):e1002563.

Wakefieldetal,1998,TheLancet,351,637-41.

Séralini,Gilles-Ericetal.LongtermtoxicityofaRoundupherbicideandaRoundup-tolerantgeneticallymodifiedmaize.FoodandChemicalToxicology.2012,50(11):4221–4231.(已被雜志撤稿)

JoseLourencoetal.Fundamentalprinciplesofepidemicspreadhighlighttheimmediateneedforlarge-scaleserologicalsurveystoassessthestageoftheSARS-CoV-2epidemic.MedRxiv.March26,2020.

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